על פי הנחת היסוד הבסיסית של ה- NLP, כל אדם חווה את המציאות על פי מפת העולם האישית שלו, המושפעת - מזיכרונות, ניסיונות וחוויות העבר, אמונות וערכים שספג בילדותו; במילים אחרות, המציאות הנתפשת על ידי האדם הינה בהתאם לחווייתו הסובייקטיבית.
טיפול באמצעות NLP מדומה ל"תיכנות" מחדש של המוח: טכניקות הטיפול מכוונות - לגירוי של ועבודה על – התת מודע, במטרה למסגר מחדש (Reframing) - תבניות חשיבה, תוך שחרור אמונות מגבילות, שאינן משרתות אותנו עוד, ואימוץ אמונות חדשות ומקדמות במקומן.
באמצעות שינוי דפוסי החשיבה, המטופל מצליח לאמץ דפוסי התנהגות חדשים אשר מיטיבים ומקדמים אותו בחייו.
הודות לשיטת טיפול זו, המטופל מצליח לקחת שליטה עצמית - על ההרגלים והפעולות בחיי היומיום שלו - כמו גם על הרגשות שלו - ולבסוף על דרך התקשורת והתגובה שלו לכלל האירועים בחייו.

התהליך הינו קצר וממוקד מטרה, אותה המונחה רוצה להשיג בתום הטיפול.

בדרך כלל התהליך נע בין 8 ל-12 מפגשים.
עם זאת, במקרים רבים, המונחים בוחרים להמשיך לתהליכים נוספים להשגת מטרות נוספות.